Что же происходит в мире шиноби, после нападения Пейна на Коноху? Деревня восстанавливается после разрушений, стараясь не казаться слабой в глазах своих соседей.  Все шиноби листа усердно трудятся, что бы Коноха поскорее набрала сил. Теперь у каждого еще больше дел и миссий. Коноховцы сбиваются с ног от усталости, но им удается провести свою деревню через эти испытания.
Спустя какое-то время на землю опустилось странное давящее спокойствие, как будто бы затишье перед бурей. Воздух так и потрескивает от напряжения. Ожидание треплет всем нервы, заставляя быть подозрительными. Суна и Коноха – самые сильные деревни активно готовят силы на случай нападения. Все чувствуют – приближается война. И когда каждый уже считал дни до открытого начала конфликта, произошло «ЭТО».
Сложно сказать, что это было – вспышка света или воздуха, может быть какой-то энергии или магии. Это произошло не ярко и не громко, но в тоже время каждый почувствовал, что что-то случилось. Каждый ниндзя закрыл глаза, что бы сделать вдох и успокоить расшалившиеся нервы, а открыв их он увидел… Он увидел самого себя, не видение, а реального из плоти и крови человека, как две капли похожего на него.
«Раздвоение», как назвали это позже, случилось одновременно во всем мире и по какой-то причине коснулось это только шиноби. У двойника или «отражения» есть все, что есть у настоящего человека. Не известно, как бы различали «настоящих» от «не настоящих», если бы не пара отличий: у любого отражения радужка черного цвета и... Он не помнит ничего из жизни настоящего. Жизнь каждого «отражения» началась с момента отделения от своего оригинала. Огромное количество растерянных, ничего не понимающих людей внезапно наполнили улицы деревень…
Все это наделало много шуму. Одни смотрели на случившееся с позитивом, кто-то побаивался, а  кто-то видел в этом лишь зло. «Отражения» стали спешно собирать и целыми толпами размешать в наспех построенных укреплениях за деревнями шиноби. Главы стран и деревень ниндзя проводят спешное собрание, что бы решить, что делать с двойниками. Мнений было много, но все сошлись только на одном: в мире нет места для такого количества людей. Раньше их не было, а значит быть не должно. Деревни отправили своих лучших ниндзя в долгий путь, что бы те выяснили причину случившегося.
Каждая деревня стремилась найти ответ первой, поэтому все действия держались в строгом секрете. Но так, или иначе, начала поступать информация о таинственном артефакте воинов Инь и Янь, который символизирует собой единство человеческой души. По каким-то причинам эта древняя штуковина, которая находится, естественно, не известно где, перестала работать. По предположениям артефакт попросту был разъединен на две части, и теперь каждый ниндзя тоже разделен на две части. Настоящие люди олицетворяли собой Инь, а их «отражения» - Янь.
Но и люди-отражения все это время не сидели на месте. Сумев организоваться, они разузнали кое-что еще. Стало известно – можно сделать так, что бы на земле больше не было двойников. Нужно просто уничтожить одну из половинок артефакта… Если уничтожить половинку Янь – исчезнут отражения, а если уничтожить половинку Инь – исчезнут настоящие люди и их место займут «отражения». Вы все уже поняли, во что вылились эти сведения?
События стали развиваться со стремительной скоростью. Теперь люди Инь и люди Янь, стали непримиримыми врагами. Шиноби всех великих стран теперь вынуждены сражаться не друг с другом, а со своими отражениями. Деревни заключили мирный договор, что бы помогать друг другу в борьбе с «отражениями». Центром людей Инь стала Коноха, во галве с Цунаде, ну а люди Янь выбрали для себя Суну, во главе со вторым Наруто. Теперь между настоящими и двойниками развязалась настоящая война. Одновременно с этим люди и их клоны ведут поиски утерянных частей артефакта. Каждый дерется еще отчаяннее, прилагает еще больше усилий, ведь каждый хочет выйти победителем из схватки с самим собой…